Svou profesionální dráhu začal v Královské nemocnici v Madridu. V roce 1935 si rozšířil svá studia v Německu. V roce 1940 nastoupil v Nemocniční klinice v Madridu, kde pracoval s dr. Jiménezem Díazem, jehož vždy považoval v medicině na svého učitele.
V roce 1947 nastoupil jako vedoucí Katedry všeobecné patologie na lékařské fakultě v Cádizu, ale brzy se přemístil na Klinickou patologii na univerzitě v Granadě.
V roce 1958 nastoupil do nové Lékařské fakulty na univerzitě v Navaře, kde pracoval až do odchodu do důchodu.
Když začala španělská občanská válka, jeho otec, voják z povolání, byl v Madridu zatčen a odsouzen k smrti. Eduardo, jeho matka a sestra s ním strávili noc před popravou, která byla vykonána 8. září 1936.
Když později mluvil o tomto období, řekl: „Byly to nejbolestivější dny mého života.“ Tato událost zanechala v jeho duši hlubokou stopu a znamenala počátek těžké náboženské krize, jež začala vnitřní proces konverze k Bohu.
17. června 1941 se oženil s Laurou Busca Otaegui. Poznali se v roce 1935 v Královské nemocnici, kde jeho nastávající pracovala v oddělení farmacie. Měli sedm dětí. Jeho rodina - žena a děti - byli v jeho životě na prvním místě.
1. června 1952 požádal o přijetí do Opus Dei. Setkání s Dílem znamenalo pro něho počátek vážného boje o neustálé zdokonalování jeho křesťanského života. Šel cestou svatosti na základě učení zakladatele, svatého Josemaríi Escrivá de Balaguer, kterého vřele miloval.
Postupně, jak si uvědomoval Boží synovství, se jeho zbožnost stávala prostou a pevnou. Vyzařoval z něho hluboký pokoj a velká radost, jež se projevovaly přirozeně i v době nesnází a únavy.
Jeho profesionální záběr byl velmi intenzívní: vstával brzy, aby věnoval čas modlitbě a mši svaté, a končil obvykle v prvních ranních hodinách dne následujícího.
Starostlivě se věnoval svým kolegům a spolupracovníkům. Pro studenty byl učitel a vůdce, jak v oblasti profesionální, tak lidské. S každým jednal s láskou a byl vždy k dispozici. Současně byl náročný k sobě i k druhým, protože chtěl přijaté talenty od Boha předávat dál.
Nemocní v něm nacházeli opravdového přítele, protože se zajímal o člověka v jeho celistvosti, a mohl jim tak pomáhat nejenom po tělesné stránce, ale i duchovní.
V Opus Dei se naučil, jaký význam má jednota života. Chápal, že starost o rodinu, studium a práce, styk s přáteli, kolegy a studenty musí mít vždy křesťanský smysl. Každá jeho činnost, spořádaná a dokončená, ho vedla k Bohu: odevzdával tak svůj život v opravdové kontemplativní modlitbě.
V roce 1983, když mu bylo 73, ukončil povolání učitele. Krátce potom mu byl diagnostikován zhoubný nádor. Po operaci se zjistilo, že rakovina je neléčitelná, protože byla rozšířena v celém těle.
Od první chvíle si byl vědom vážnosti své nemoci, kterou přijal tak, že se stále více sjednocoval s utrpením Krista na kříži, a obětoval ji za církev. Poslední dva roky svého života byl ještě profesionálně velmi aktivní, plný úsilí přiblížit duše k Bohu.
1. května 1985 byl přijat na Univerzitní kliniku v Pamploně, místo jeho nekončící starosti o nemocné. Zemřel ráno v 9:10 hodin 20. května, opakujíc tuto modlitbu: „Pane zvětši mou víru, mou naději a lásku, aby se mé srdce podobalo tvému srdci!“
Od této chvíle se začala šířit pověst o jeho svatosti, kterou za jeho života mnozí zakusili, a zvětšuje se i počet těch, kdo se svěřují jeho přímluvám u Boha.