Prelátem Opus Dei je od 23. ledna 2017 Mons. Fernando Ocáriz.
Pomocný vikář je Mons. Mariano Fazio, generální vikář je Mons. Antoni Pujals a vikář tajemník je Jorge Gisbert.
Centrální sídlo prelatury je: Viale Bruno Buozzi 73, 00197, Řím, Itálie.
Prelatura Opus Dei se řídí dle norem obecného práva církve, apoštolskou konstitucí Ut sit a vlastními Stanovami nebo Kodexem partikulárního práva Opus Dei. Základní normy o personální prelatuře jsou v Kodexu kanonického práva z roku 1983 (kánony 294-297), které jsou upravené dle motu proprio Le Prelature personali ze 4. srpna 2023.
Kněží prelatury, kteří tvoří duchovenstvo prelatury, jsou plně podřízeni prelátovi, který vymezuje jejich pastorační úkoly, jež vykonávají v úzkém spojení s diecézní pastorační radou. Prelatura přebírá odpovědnost za jejich ekonomickou soběstačnost.
Laičtí členové jsou podřízeni prelátovi ve všem, co se týká specifického poslání prelatury. Jsou podřízeni občanským autoritám stejně jako ostatní občané, a zrovna tak církevním autoritám jako ostatní katoličtí laici.
V řízení Opus Dei spolupracuje prelát s tzv. Ústřední asesorií pro ženy a s Generální radou pro muže. Obě dvě rady sídlí v Římě.
Kromě pomocného vikáře, generálního vikáře a vikáře tajemníka jsou dalšími členy generální rady José Maía Sánchez Blanco, Marcelo Valenga, Andrew Joseph Laird, Luis Romera a Julien Nagore.
Centrální asesorii tvoří Isabel Sánchez Serrano, María Díaz Soloaga, Nicola Waite, Fernanda Lopes, Kathryn Plazek, Inocencia Fernández, Susana López y Rosário Líbano Monteiro.
Součástí plenárních zasedání těchto rad jsou také regionální delegáti a delegátky v různých obvodech, do nichž je geograficky rozdělena apoštolská činnost prelatury, kterých je v současné době 30 a zahrnují 68 zemí.
Vedení prelatury je kolegiální: prelát a jeho vikáři zastávají své úřady vždy ve spolupráci s příslušnými radami, které jsou tvořené z převážné části laiky.
Generální kongresy prelatury, jejichž účastníci pocházejí z různých zemí, kde je Opus Dei přítomné, se konají obvykle každých osm roků. Na kongresech se analyzují apoštolské aktivity prelatury a prelátovi se prezentují doporučení týkající se budoucí orientace pastoračních aktivit. V průběhu kongresu prelát jmenuje nové rady.
Prelatura se dělí na oblasti nebo území, které se nazývají regiony. V čele každého regionu - jehož působnost se může nebo nemusí shodovat s hranicemi příslušné země - je regionální vikář a regionální rady: Regionální asesorie pro ženy a Regionální komise pro muže. Některé regiony se dále mohou dělit na delegace s omezenějším místem působnosti. V tomto případě se opakuje tatáž řídící struktura: vikář delegace a dvě rady.
Kromě úřadu preláta není žádný úřad doživotní.
Na místní úrovni existují centra Opus Dei, která poskytují formační prostředky a pastorační péči pro věřící prelatury v místě svého působení. Tato centra fungují buď pro ženy nebo pro muže. V každém je místní rada, které předsedá laik - ředitelka nebo ředitel - obvykle s dvěma dalšími věřícími prelatury. Každému centru je regionálním vikářem nebo vikářem delegace přidělen kněz z kněžstva prelatury, který má na starosti duchovní záležitosti věřících centra.
Každý věřící prelatury zodpovídá za své vlastní osobní a rodinné potřeby, které nabývá svou profesionální prací. Kromě těchto potřeb a potřeb svého centra se věřící Opus Dei a spolupracovníci podílejí na financování pastoračních aktivit prelatury. Často propagují a podporují subjekty, které tuto pastorační činnost umožňují, například domy pro vzdělávací akce a duchovní cvičení.
Vlastní výdaje prelatury jsou hlavně určené na podporu a formaci kněží prelatury, na pokrytí nákladů centrálního sídla prelatury v Římě - jakož i na regionální rady nebo delegace - a na charitativní pomoc, kterou prelatura poskytuje. Je samozřejmé, že věřící Opus Dei pomáhají i místním církvím, farnostem atd.